Новый центр изучает, как функционируют или дают сбои человеческие системы

Национальный ресурс сетевой биологии (National Resource for Network Biology, NRNB), созданный на базе Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего, поможет клиницистам анализировать растущий массив сложных биологических данных и применять эти знания к реальным проблемам и заболеваниям.

Изучение биологических сетей в последние годы резко расширилось: учёные сместили фокус с отдельных клеток на сложные системы, создавая новые карты интерактивных сетей генов и белков. Однако экспоненциальный рост данных создал новую проблему: как их эффективно использовать?

NRNB — часть ответа на этот вопрос. Центр финансируется пятилетним грантом в размере $6.5 млн от Национального центра исследовательских ресурсов (NCRR) Национальных институтов здравоохранения (NIH) и является единственным центром такого типа, профинансированным в этом году.

По словам руководителя центра Трея Айдекера, проект «Геном человека» десять лет назад впервые перечислил все ~25 000 генов, но не объяснил, как эти гены работают вместе. Для этого нужен другой набор данных — «интерактом».

«Интерактом» описывает все молекулярные взаимодействия внутри клеток. В течение последнего десятилетия платформа с открытым исходным кодом Cytoscape, разработанная Айдекером и коллегами, предоставляет биологам инструмент для описания и визуализации сложных молекулярных взаимодействий и биологических путей.

Однако сбор базовых данных, как отмечает исполнительный директор NRNB Александр Пико, опережает усилия по их практическому применению: «Мы сидим на горах данных измерений... и только начинаем собирать эти "списки деталей" в комплексные биологические системы».

При поддержке NIH новый центр предоставит квалифицированным исследователям доступ к расширенному набору инструментов для проведения передовых исследований биологических систем. Это позволит создавать сложные модели того, как человеческие системы функционируют или дают сбои. В конечном итоге это приведёт к новым и улучшенным методам лечения, например:

• идентификации биомаркеров заболеваний и молекулярных мишеней для потенциальных лекарств;
• определению генетических факторов риска;
• расшифровке того, как индивидуальный или групповой образ жизни (социальные сети) влияет на развитие и передачу заболеваний.

NRNB — продукт обширного взаимодействия множества collaborators, включая специалистов по социальным сетям, сердечно-сосудистым заболеваниям, онкологии и биоинформатике из различных институтов США, Канады и Франции.

Центр присоединяется к трём другим центрам биомедицинских технологий NCRR на базе Калифорнийского университета в Сан-Диего.