Разработка метода TIGER для анализа малых РНК

Исследование малых РНК (sRNA) — коротких и малоизученных молекул РНК — часто опирается на высокопроизводительное секвенирование (sRNA-seq). Эти усилия сдерживаются отсутствием инструментов для идентификации, количественного определения и анализа всех различных sRNA в полученных наборах данных.

Кейси Викерс, PhD, и коллеги разработали новый аналитический метод под названием TIGER (Tools for Integrative Genome analysis of Extracellular sRNAs). Чтобы продемонстрировать его возможности, они провели sRNA-seq для липопротеинов, желчи, мочи и печени мышей. В полученных наборах данных TIGER смог идентифицировать около 60% sRNA на липопротеинах и более 85% sRNA в желчи, моче и печени.

Исследователи обнаружили, что большинство sRNA на липопротеинах являются нехозяевыми sRNA, происходящими из бактериальных источников в микробиоме и окружающей среде.

Исследование, опубликованное в Journal of Extracellular Vesicles, выявило новые sRNA липопротеинов и биожидкостей и показало, что TIGER хорошо подходит для изучения sRNA.