Анализ разнообразных типов данных может ускорить разработку лекарств

Новое исследование в журнале Cell Systems подчёркивает важность использования нескольких типов данных в разработке лекарств. В работе проанализировано более 1000 препаратов, протестированных в шести дозах, и показано, что экспрессия генов и морфология клеток предоставляют разную информацию для приоритизации лекарственных кандидатов.

Исследование под руководством специалиста по биомедицинским данным Грегори Уэя, Ph.D., MS, демонстрирует, что одновременное использование этих двух типов данных позволяет измерить принципиально разные аспекты биологии препарата.

«Мы считаем, что эти два популярных метода можно использовать с выгодой для разработки лекарств, которые учитывают всю сложность биологии», — сказал Уэй, доцент кафедры биомедицинской информатики в Медицинском кампусе Университета Колорадо Аншутц.

Уэй и его команда обнаружили, что два типа данных дают частично совпадающий, но также и взаимодополняющий взгляд на механизмы действия лекарств. Использование обоих подходов может продвинуть разработку лекарств, функциональную геномику и прецизионную медицину в уникальных направлениях.

«Хотя классификация препаратов по механизму действия невероятно эффективна, этот подход рискует упустить общую картину. Оба типа данных, собранные с помощью фенотипического скрининга лекарств, учитывают сложность биологии и позволяют учёным изучать и использовать многогранные эффекты, которые могут предложить препараты», — добавляет Уэй.

В статье показано, как эти анализы сравниваются друг с другом по полезным биологическим задачам (например, предсказание механизма действия) с учётом всех источников вариаций/шума и современных лучших практик обработки данных. Подход фенотипического скрининга позволяет исследователям измерять тысячи признаков тысяч различных препаратов в одном эксперименте.

«Мы надеемся, что наш анализ поможет исследователям в планировании экспериментов и в понимании ограничений их конкретного метода профилирования, чтобы обеспечить более согласованные измерения и максимизировать потенциал для успехов в разработке лекарств», — сказал Уэй.

Статья, опубликованная 24 октября, направляет учёных в планировании экспериментов по профилированию клеток для обращения болезненных фенотипов, количественной оценки клеточного ответа на химическое или генетическое воздействие и изучения механизмов действия лекарств.