50 самых разыскиваемых грибов: новая функция поиска фокусируется на тёмном разнообразии грибов

Существуют миллионы неописанных грибов, а публичные базы данных ДНК-последовательностей содержат тысячи последовательностей грибов, которые невозможно с уверенностью отнести ни к одной известной группе. Многие из этих последовательностей не поддавались надёжной таксономической классификации более 10 лет.

Международная группа исследователей представляет функцию поиска в базе данных UNITE для молекулярной идентификации грибов. Её цель — выделить грибы, о которых мы знаем меньше всего, и призвать научное сообщество определить их таксономическую принадлежность. Усилия направлены на преодоление значительного разрыва между таксономией грибов и молекулярной экологией с помощью списка, который авторы называют «50 самых разыскиваемых грибов». Их работа представлена в новой статье, опубликованной в журнале с открытым доступом MycoKeys.

Около 100 000 видов грибов описаны формально, хотя текущие оценки предполагают, что существующих видов грибов не менее 6 миллионов. Очевидно, что в изучении грибов нет недостатка в направлениях для исследований — но есть ли другие недостатки? Огромное тёмное разнообразие грибов, раскрытое с помощью молекулярных методов, указывает на то, что взаимодействие между таксономией грибов и секвенированием ДНК из окружающей среды (например, почвы и воды) не является оптимальным.

«Не существует таксономической обратной связи, чтобы привлечь внимание микологического сообщества к присутствию этих загадочных линий, и они часто годами остаются в базах данных последовательностей, не привлекая значительного исследовательского интереса», — объясняют авторы. «Более 10 лет в некоторых случаях, если уж на то пошло».

Поэтому исследователи под руководством доктора Хенрика Нильссона из Гётеборгского университета представляют функцию поиска, которая генерирует списки примерно родовых кластеров последовательностей ДНК грибов, таксономическая принадлежность которых нам практически неизвестна. Эти списки пересчитываются ежемесячно с учётом любых обновлений и дополнений, внесённых научным сообществом в промежутках между итерациями. Участие сообщества приветствуется, и база данных UNITE имеет обширную поддержку аннотаций от третьих лиц.

Освещая эти грибные линии, доктор Нильссон и коллеги надеются ускорить изучение и формальное описание лежащих в их основе видов. Чтобы помочь исследователям, сосредоточенным на отдельных группах грибов или средах, предоставляется набор списков с фильтрацией по ключевым словам. Это позволяет исследователям сфокусироваться на неизвестных грибах, обнаруженных, например, в искусственной среде или водных местообитаниях.

Комментируя выбор названия для списка, исследователи уточняют, что лежащие в его основе грибы не виновны ни в каком преступлении. «Действительно, ничего нельзя сказать о том, как они зарабатывают на жизнь. Это просто неизвестно. Мы не претендуем на важность этих грибов с какой бы то ни было точки зрения — экологической, экономической или иной», — подчёркивают они. «Однако мы претендуем на их уникальность, потому что в 2016 году неприятно не иметь возможности присвоить имя грибной последовательности даже на уровне типа».

«Мы надеемся, что данная публикация послужит для того, чтобы пролить свет на эти неизведанные части древа жизни грибов, и приглашаем читателя изучить их с помощью наших онлайн-инструментов или иным образом», — заключают они.