Новый метод визуализации редких типов клеток в тканях

Исследователи из Лейпцигского университета и Helmholtz Munich разработали новый эффективный и сравнительно недорогой метод для визуализации редких типов клеток, типов клеточной коммуникации и паттернов заболеваний в ткани. Результаты опубликованы в журнале Nature Communications.

Проблема существующих методов

Все методы анализа отдельных клеток требуют их отделения от тканевого комплекса, что приводит к потере пространственной информации о клеточном окружении, путях коммуникации и функции клеток.

Суть нового подхода

Докторант Йоханнес Вирт из лаборатории профессора Маттиаса Майера разработал усовершенствованный рабочий процесс, который позволяет получать локально разрешенные геномные данные в паре с высококачественными микроскопическими изображениями.

Ключевым элементом стала разработка нового микрофлюидного чипа, позволяющего анализировать цепи рибонуклеиновых кислот (РНК) в крупных тканевых срезах при низкой стоимости.

Технические преимущества

• По сравнению с исходным методом, новый подход увеличил количество изображений на пиксель в 6–12 раз.
• Метод позволяет разрешать около 5000 генов на пиксель, что делает возможной визуализацию редких типов клеток в почке или печени.
• Для сравнения: стандартный HD-экран может отображать только три основных цвета с 256 уровнями яркости на пиксель.

Дополнительные преимущества и перспективы

Команда также предоставила аналитический конвейер с открытым исходным кодом, чтобы сделать метод легко доступным. Поскольку метод подходит для широкого спектра тканей, он облегчит изучение сложных заболеваний и функций/дисфункций нескольких органов.

Значение метода

Как отмечает профессор Майер, разработанный метод, сочетающий методы визуализации и секвенирования, революционизировал понимание клеточной гетерогенности и позволил находить новые типы клеток во всех организмах. Развитие методов секвенирования отдельных клеток теперь позволяет лучше понимать пути клеточного развития и прогрессирование заболеваний.