Разработан инструмент для визуализации данных одноклеточного анализа

Исследователи из Института Гельмгольца по исследованию инфекций на основе РНК (HIRI) в Вюрцбурге и Университета прикладных наук Вюрцбург-Швайнфурт (THWS) создали инструмент sCIRCLE (single-Cell Interactive Real-time Computer visualization for Low-dimensional Exploration) для интерактивной 3D-визуализации больших наборов данных, получаемых при одноклеточном РНК-секвенировании (scRNA-seq).

Проблема и решение

  • Антибиотикорезистентность — глобальная проблема, требующая понимания различий в экспрессии генов у бактерий.
  • Технология scRNA-seq генерирует огромные объемы сложных для анализа данных.
  • sCIRCLE — это десктопное приложение, позволяющее исследователям интерактивно и в реальном времени изучать данные scRNA-seq в 3D, применяя фильтры для анализа экспрессии конкретных генов в определенных клетках в заданные моменты времени.

Ключевые особенности

  • Интерактивность: Просмотр отдельных клеток с метаданными под разными углами.
  • Доступность: Интуитивно понятный интерфейс, полезный для биологов без глубоких знаний в биоинформатике.
  • Совместная работа: Инструмент для совместного изучения данных и представления результатов.
  • Будущее развитие: Уже совместим с устройствами виртуальной реальности (VR), что открывает путь к иммерсивной визуализации.

Междисциплинарное сотрудничество

Проект стал результатом совместной работы биоинформатиков и дизайнеров. Магистрант THWS Максимилиан Зегер работал непосредственно с учеными HIRI, чтобы понять их потребности. Профессор THWS Эрих Шёльс и руководитель исследовательской группы HIRI Ларс Барквист подчеркивают важность такого междисциплинарного и межвузовского сотрудничества для создания понятных инструментов работы с растущими массивами данных.

Перспективы

sCIRCLE — это первый шаг к созданию интуитивных интерактивных инструментов анализа. Команда планирует развивать проект, делая инструменты более иммерсивными и удобными, включая создание простых в использовании виртуальных пространств для исследования данных.

Результаты опубликованы в журнале NAR Genomics and Bioinformatics.

2024-07-30