За $10 можно исследовать отдельные клетки в виртуальной реальности
Благодаря доступным гарнитурам, таким как Google Cardboard (стоимостью менее $10), виртуальная реальность (VR) стала доступна широкой аудитории. Исследователи из ведущих медицинских центров США разработали инструмент singlecellVR, позволяющий визуализировать данные по отдельным клеткам в VR. Работа опубликована в журнале Frontiers in Genetics.
Интерактивное изучение данных
Инструмент представляет собой бесплатное веб-приложение с открытым доступом. Он позволяет визуализировать данные single-cell assays, что помогает моделировать гетерогенность клеточных популяций и изучать функции отдельных клеток. Это важно, например, для понимания механизмов распространения рака.
«Я надеюсь, что общественность сможет оценить новые возможности, которые технологии VR/AR дают нам для взаимодействия с реальностью, изучения биологических данных или просто для обучения новому в увлекательной и интерактивной форме», — говорит доктор Лука Пинелло, соавтор исследования.
Доступность и совместимость
Ранние инструменты для VR-визуализации подобных данных требовали дорогого оборудования (от $2500). singlecellVR работает с данными, предварительно обработанными в популярных инструментах анализа, таких как Scanpy, Seurat, PAGA, STREAM, scVelo и EpiScanpy.
Приложение не требует установки и работает в браузерах Google Chrome, Safari и Firefox на устройствах Android и Apple. Пользователи могут изучать предзагруженные наборы данных или загружать свои собственные.
Для удобства просмотра в VR-гарнитуре сайт динамически генерирует QR-код, который переносит данные с компьютера на смартфон.
Будущее проекта
Команда планирует расширить функционал singlecellVR для работы с новыми технологиями, например, multiomics или spatial profiling, а также добавить поддержку более мощных устройств, таких как гарнитуры Oculus (стоимостью около $300).
Цель разработчиков — снизить барьер для входа и создать сообщество, заинтересованное в разработке VR-приложений для анализа биологических данных.