Древние свиньи в Европе пережили полную замену генома

Новое исследование под руководством Оксфордского университета и Лондонского университета королевы Марии разрешило "свиной парадокс". Археологические данные показывали, что свиньи были одомашнены на Ближнем Востоке, и поэтому современные свиньи должны быть похожи на ближневосточных кабанов. Но это не так. Вместо этого генетические сигнатуры современных европейских домашних свиней напоминают европейских диких кабанов.

Опубликованное в Proceedings of the National Academy of Sciences, исследование показывает, как это произошло. Работая с более чем 100 коллабораторами, исследователи из Школы археологии Оксфорда секвенировали ДНК более чем 2000 древних свиней, включая полные геномы 63 археологических образцов, собранных на Ближнем Востоке и в Европе за последние 10 000 лет.

Результаты показали, что первые свиньи, прибывшие в Европу вместе с фермерами 8000 лет назад, имели явную ближневосточную генетическую родословную. Однако в течение следующих 3000 лет древние домашние свиньи так интенсивно скрещивались с европейскими дикими кабанами, что потеряли почти всю свою ближневосточную родословную.

Низкий уровень ближневосточного происхождения, однако, потенциально сохранился в геноме современных европейских домашних свиней, и это, вероятно, объясняет их характерную черную и черно-белую пятнистую окраску. Более высокий уровень ближневосточного происхождения также сохранился в популяциях свиней на средиземноморских островах, вероятно, потому, что эти популяции имели сравнительно меньший поток генов с европейскими дикими кабанами, чем свиньи на континенте.

Профессор Грегер Ларсон, директор Исследовательской сети палеогеномики и биоархеологии (PalaeoBarn) в Оксфорде и старший автор исследования, сказал: "Доступ к древним геномам на таком большом пространстве и временном отрезке позволил нам увидеть замедленную замену всего генома домашних свиней. Это говорит о том, что управление свиноводством в Европе на протяжении тысячелетий было экстенсивным, и, хотя свиноводы поддерживали отбор по некоторым окрасам, домашние свиньи взаимодействовали с дикими кабанами достаточно часто, чтобы потерять исходную родословную кабанов, от которых они произошли".

Доктор Лоран Франц, ведущий автор исследования из Лондонского университета королевы Марии, сказал: "Нас всех учат, что большим изменением был первоначальный процесс одомашнивания, но наши данные предполагают, что почти ни один из признаков, отбиравшихся человеком за первые 2500 лет одомашнивания свиней, не был важен для развития современных европейских коммерческих свиней".

Теперь, когда команда восстановила хронологию геномной истории свиней в Западной Евразии, следующими шагами в исследовании будет точное определение в геноме современных европейских домашних свиней тех немногих генов, которые сохранили свое первоначальное ближневосточное происхождение. Это позволит оценить, оставил ли искусственный отбор, применявшийся ранними фермерами в Плодородном полумесяце более 10 000 лет назад, какое-либо дальнейшее наследие у современных свиней помимо окраса шерсти.