Учёные секвенировали геном земляники лесной — модельной системы для растений семейства розоцветных
Консорциум международных исследователей, включающий учёных из Службы сельскохозяйственных исследований США (ARS), секвенировал геном модельного растения, родственного персику, вишне и садовой землянике.
Секвенирование генома земляники лесной (Fragaria vesca) было представлено на конференции Plant and Animal Genome в Сан-Диего, Калифорния. Проект финансировался Roche Diagnostics.
Fragaria vesca (земляника лесная или альпийская) принадлежит к семейству Rosaceae, которое включает более 100 родов и 3000 видов. Это семейство объединяет многие экономически важные плодовые, орехоплодные, декоративные и древесные культуры: миндаль, яблоню, персик, вишню, малину, землянику и розу.
F. vesca обладает рядом черт, делающих её привлекательной модельной системой для функциональной геномики:
- Малый размер и быстрый жизненный цикл позволяют проводить генетические анализы с высокой эффективностью и низкой стоимостью.
- Возможность трансформации для модуляции активности интересующего гена.
- Относительно небольшой геном, при этом большая часть последовательностей генов совпадает с другими представителями Rosaceae. Это делает её ключевым инструментом для изучения функций генов.
Джанет Словин, молекулярный биолог ARS, создала почти инбредную линию "Hawaii 4", использованную для секвенирования. Эта линия позволила упростить сборку генома из относительно коротких последовательностей, генерируемых современными секвенаторами.
Хотя геном F. vesca является модельным для группы Rosaceae, регуляторные функции генов, вероятно, различаются. Учёные могут использовать последовательность генома для:
- Идентификации этих генов.
- Тестирования их функции в F. vesca.
- Разработки молекулярно-генетических маркеров для ускоренной селекции культур из семейства розоцветных.
Джанет Словин планирует использовать данные генома для изучения и улучшения термоустойчивости земляники в период плодоношения.