Упрощено производство РНК-чипов для биоанализа

Команда под руководством Марка Сомосы с химического факультета Венского университета представила в Nature Communications новый метод. Он позволяет быстро и легко преобразовывать коммерчески доступные ДНК-чипы в РНК-чипы, которые в противном случае производить гораздо сложнее. Такие РНК-микрочипы помогают выяснить неизвестные функции молекул РНК в клетках — важная предпосылка для развития диагностики и лечения таких заболеваний, как рак.

Проблема производства РНК-чипов

Коммерческое производство ДНК-чипов основано на пошаговом соединении отдельных строительных блоков ДНК. Хотя этот метод давно устоялся, его можно перенести на синтез РНК-микрочипов лишь ограниченно. Молекулы РНК значительно менее стабильны. Кроме того, отдельные строительные блоки РНК связываются друг с другом с меньшей эффективностью, чем их ДНК-эквиваленты, что ограничивает возможную длину цепи РНК.

«Однако для изучения неизвестных ролей клеточных молекул РНК требуются чипы со значительно более длинными цепями РНК, чем ранее достижимые при химическом синтезе. Наш новый метод решает эту проблему», — объясняет первый автор Эрика Шауди из группы Марка Сомосы.

Решение: целенаправленное использование ферментов

Как показала венская исследовательская группа, доступные на коммерческих чипах последовательности ДНК можно переписать в их комплементарные цепи РНК независимо от длины с помощью целенаправленного использования ферментов. Дальнейшие ферменты затем селективно разрушают ДНК-матрицы, в результате чего получается РНК-чип.

«Замечательно то, что разработанный нами метод изготовления основан исключительно на коммерчески доступных материалах и реагентах. Специализированное лабораторное оборудование не требуется. Это теперь позволяет исследователям из самых разных дисциплин самостоятельно производить РНК-микрочипы, точно соответствующие их научным вопросам», — говорит Шауди.

Марк Сомоса добавляет, что «этой быстрой и простой в выполнении методологией мы также создали важную основу для дальнейших потенциальных применений. Например, РНК-технология могла бы помочь исследовать влияние пищевых соединений на клеточные процессы и, следовательно, на здоровье человека».