Локальное финансирование позволило открыто опубликовать геном пуэрто-риканского амазона

Критически исчезающий пуэрто-риканский амазон (Amazona vittata) — единственный сохранившийся вид попугаев, изначально обитающий на территории США. Проект по секвенированию его генома, профинансированный за счёт пожертвований местного сообщества, опубликовал сегодня в открытом доступе в журнале GigaScience первую последовательность генома A. vittata. Это первый крупный неотропический амазон, изученный на геномном уровне.

Пуэрто-риканский амазон когда-то был широко распространён по всему Пуэрто-Рико, но уничтожение старых лесных массивов для сельского хозяйства в XIX веке привело к резкому сокращению популяции. К середине 1970-х годов, по оценкам, оставалось лишь несколько особей. Программы разведения в неволе в Рио-Абахо и Эль-Юнке, а также выпуск этих птиц имели некоторый успех, но их численность в дикой природе по-прежнему очень мала.

В рамках уникальной инициативы, полностью профинансированной за счёт взносов сообществ Пуэрто-Рико, а также сотрудников и студентов биологического факультета Университета Пуэрто-Рико в Маягуэсе, исследователи провели международное сотрудничество для секвенирования генома этой птицы.

Доктор Тарас Олексик, организовавший проект по геному пуэрто-риканского амазона, объяснил результаты: «В этом проекте нам удалось охватить почти 76% генома A. vittata на деньги, собранные на художественных и модных показах, а также обходя дома и прося поддержки у жителей Пуэрто-Рико и местного бизнеса. Сравнив последовательность нашей попугаихи Игуаки из Рио-Абахо с другими видами птиц, мы обнаружили, что её геном имеет 84,5% сходства с зебровой амадиной и 82,7% с курицей, но при этом он сильно перестроен».

Доктор Олексик добавил: «Мы очень гордимся нашим проектом и ещё больше гордимся тем, что являемся частью местного сообщества, посвятившего себя повышению осведомлённости и углублению научных знаний об этой исчезающей птице. Все данные проекта находятся в открытом доступе в GigaDB, что, как мы надеемся, станет отправной точкой для сравнительных исследований геномов птиц и будет использовано для развития и продвижения бакалаврского образования в области геномики в Карибском регионе. Вовлечение сообщества может стать ключом к будущему генетики сохранения видов, и для обращения вспять нынешних темпов вымирания птиц по всему миру необходимы многие подобные проекты».