Protein Data Bank: 100,000 структур

Международная организация Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) объявляет, что архив Protein Data Bank теперь содержит более 100,000 записей. Этот центральный публичный архив экспериментально определённых структур белков и нуклеиновых кислот, основанный в 1971 году, достиг ключевой вехи благодаря усилиям структурных биологов по всему миру.

Четыре центра данных wwPDB обеспечивают онлайн-доступ к трёхмерным структурам биологических макромолекул, которые помогают исследователям понять многие аспекты биомедицины, сельского хозяйства и экологии.

Функция следует за формой

В 1950-х годах учёные впервые увидели структуры белков и ДНК на атомном уровне. Определение этих ранних трёхмерных структур с помощью рентгеновской кристаллографии открыло новую эру в биологии, движимую тесной связью между формой и биологической функцией. Поскольку научное сообщество быстро осознало ценность архивирования и обмена этими данными, Protein Data Bank (PDB) был учреждён в 1971 году как первый открытый цифровой ресурс во всей биологии.

Среди первых структур, внесённых в PDB, были миоглобин и гемоглобин. С еженедельным обновлением на этой неделе PDB пополнился 219 новыми структурами. Эти структуры присоединились к другим, важным для разработки лекарств, биоинформатики и образования, в сумме составив 100,147 записей.

PDB быстро растёт, удвоившись в размере с 2008 года и выпуская около 200 новых структур каждую неделю. Ресурсом ежегодно пользуются сотни миллионов раз исследователи, студенты и преподаватели.

"PDB — это критически важный ресурс для международного сообщества работающих учёных", — сказал нобелевский лауреат Венки Рамакришнан.

Растущее сообщество

С момента своего создания PDB был предприятием, движимым сообществом, и превратился в критически важный международный ресурс для биологических исследований. С 2003 года организация Worldwide PDB (wwPDB) обеспечивает безопасное хранение, экспертное управление и свободный доступ к этим ценным данным.

Каждая структура, отправленная в архив, тщательно курируется сотрудниками wwPDB перед выпуском. Новые депозиты проверяются и дополняются аннотациями, а также связываются с другими важными биологическими данными.

Будущие вызовы

Научное сообщество с нетерпением ждёт следующих 100,000 структур и ценных знаний, которые принесут эти новые данные. Однако растущее количество, размер и сложность биологических данных, а также появление гибридных методов определения структуры, представляют собой серьёзные проблемы для управления и представления структурных данных.

wwPDB продолжит работать с сообществом, чтобы соответствовать этим вызовам и гарантировать, что архив поддерживает максимально высокие стандарты качества, целостности и согласованности.