Надежный анализ РНК стал проще с помощью "инструментальной панели" от NIST

Международная группа исследователей представила новый программный инструмент "erccdashboard" для оценки методов изучения экспрессии генов. Результаты опубликованы в журнале Nature Communications.

Суть разработки:

  • Инструмент предназначен для работы с контрольными образцами РНК (RNA spike-in controls), разработанными Консорциумом по внешним контролям РНК (ERCC) при Национальном институте стандартов и технологий (NIST).
  • Контроли производятся из библиотеки последовательностей ДНК (Standard Reference Material 2374), выпущенной NIST в 2013 году.
  • erccdashboard предоставляет первый стандартизированный подход для любой лаборатории, позволяющий оценить качество анализа экспрессии генов.

Как это работает:

  1. Контрольные молекулы РНК, полученные из ДНК SRM 2374, смешивают в заданных пропорциях.
  2. Эту "смесь" добавляют ("spike") в биологический образец с исследуемыми молекулами РНК.
  3. Последовательности контрольной РНК отличаются от РНК млекопитающих (например, человека или мыши), чтобы не мешать измерениям.
  4. Анализ данных с помощью erccdashboard позволяет оценить техническое качество и воспроизводимость эксперимента.

Значение:

  • Сара Мунро, ведущий автор статьи: "Результаты экспериментов по экспрессии генов часто используются для принятия медицинских решений... Наш новый инструмент дает исследователям возможность оценить производительность своих методов... и убедиться, что результатам можно доверять".
  • Метрики производительности инструмента не зависят от типа измерительной технологии, что позволяет сравнивать результаты по мере развития технологий.
  • Использование панели управления способствует воспроизводимости исследований и предотвращает ошибочные выводы из некачественных данных.

Доступность и планы:

  • Программное обеспечение erccdashboard с открытым исходным кодом написано на статистическом языке R и распространяется бесплатно через репозиторий Bioconductor.
  • В дальнейшем команда NIST планирует применить этот инструмент для анализа новой серии контрольных молекул РНК, а в перспективе — адаптировать его для измерений белков.