Новая обучающая платформа для анализа больших данных

Более 95% исследователей в области наук о жизни уже работают с большими данными или планируют это делать. Однако более 65% из них заявляют, что обладают лишь минимальными знаниями в биоинформатике и статистике. "Многим не хватает обучения в этой области — это и есть настоящее узкое место, затрудняющее широкое использование методов data science", — говорит биоинформатик д-р Бьёрн Грюнинг из Фрайбургского университета. Он координирует проект Galaxy Europe, цель которого — устранить этот пробел с помощью интерактивных, общедоступных онлайн-туториалов по анализу данных в науках о жизни. Участники проекта представили его в журнале Cell Systems.

Galaxy — это платформа с открытым исходным кодом для анализа больших данных в науках о жизни. Учёные могут получить к ней доступ через браузер, и для этого не требуются навыки программирования: все настройки выполняются с помощью графического интерфейса. Чтобы облегчить старт другим исследователям, команда Galaxy создала серию обучающих руководств. Используя "исследовательскую историю", основанную на реальных наборах данных, пользователи шаг за шагом учатся применять аналитические инструменты Galaxy в своей работе. Кроме того, все туториалы дают базовые знания по биоинформатике и статистике. "Мы хотим избежать ситуации, когда исследователи используют ПО как "чёрный ящик", не понимая, какие методы применяют эти инструменты и что они могут делать", — поясняет Грюнинг. Ещё одна цель — вовлечь учёных со всего мира в сотрудничество для постоянного расширения спектра предлагаемых руководств. Такой подход стал возможен благодаря комбинации принципа сообщества и платформы Galaxy: уже более 60 исследователей со всего мира внесли свой вклад в создание учебных материалов.

Изначально созданная в Университете Пенсильвании (США), платформа Galaxy была доработана во Фрайбургском университете в рамках специализированной области исследований "Медицинская эпигенетика" и как часть Немецкой сети биоинформатической инфраструктуры (de.NBI). Европейский сервер проекта, которым управляет команда Бьёрна Грюнинга из рабочей группы проф. д-ра Рольфа Бакхофена в Институте информатики, расположен в Центре IT-услуг Фрайбургского университета.