GenomeSpace: программная среда для интеграции геномных инструментов
Исследователи из Broad Institute (MIT и Гарвард) представили научному сообществу GenomeSpace — программную среду, которая обеспечивает бесшовную связь между различными инструментами для геномного анализа. О запуске бета-версии ресурса объявила Джилл Мезиров, директор по вычислительной биологии и биоинформатике Broad Institute.
Проблема, которую решает GenomeSpace, заключается в том, что для использования нескольких аналитических инструментов и источников данных биологам приходится конвертировать данные между различными форматами, что часто требует навыков программирования или приводит к ошибкам.
Цель проекта: сделать постоянно растущее множество методов геномного анализа и необходимые данные доступными для любого биолога.
Как работает GenomeSpace
Среда в настоящее время связывает шесть ключевых инструментов:
- GenePattern
- Galaxy
- Integrative Genomics Viewer (IGV)
- Cytoscape
- Genomica
- UCSC Genome Browser
GenomeSpace действует как «слой связи» или «брокер», автоматически определяя и конвертируя файлы из одного формата в другой, что позволяет пользователям легко переключаться между инструментами в рамках одного исследовательского проекта.
Пример использования: для изучения генетических различий между двумя стадиями рака молочной железы исследователь может:
- Использовать GenePattern для выявления генов интереса.
- Перейти в IGV для просмотра генетической последовательности.
- Загрузить данные в Cytoscape для анализа белково-белковых взаимодействий — и всё это без ручной конвертации данных.
Значение для сообщества
Разработчики подчёркивают, что GenomeSpace полезен как для решения сложных, многоэтапных задач, так и для простых конвертаций («микропроблем»). На платформе уже доступны обучающие примеры и сценарии использования.
- Майкл Райх, один из архитекторов GenomeSpace: «Мы стремимся быстро реагировать на потребности научного сообщества и поддерживать самый широкий спектр геномных исследований».
- Антон Некрутенко (соавтор Galaxy): «GenomeSpace — это интеграция интеграторов. Польза для пользователя в том, что это объединяет уникальные коллекции функциональных возможностей, предлагаемых отдельными инструментами».
- Трей Айдекер (разработчик Cytoscape): «GenomeSpace соединит наши инструменты сетевого анализа с сотнями других современных программ».
Главная цель — дать возможность биологам без вычислительного или программистского бэкграунда использовать лучшие вычислительные инструменты для получения биологических insights, делая сложные анализы доступными.