PANDORA-seq открывает новый мир модифицированных малых РНК

Исследователи из Калифорнийского университета в Риверсайде разработали новый метод секвенирования РНК — PANDORA-seq (Panoramic RNA Display by Overcoming RNA Modification Aborted Sequencing). Он позволяет обнаруживать многочисленные модифицированные малые РНК, которые раньше были невидимы для традиционных методов.

Суть метода

Малые РНК (microRNA, piRNA, tsRNA) играют ключевую роль в здоровье и болезнях, включая рак, диабет и бесплодие. Химические модификации могут наделять их новыми функциями, но также создают «плащ-невидимку», мешающий детекции.

PANDORA-seq использует поэтапную ферментативную обработку для удаления ключевых модификаций РНК, снимая этот «плащ».

Ключевые открытия

• Метод показал, что в ландшафте малых РНК многих млекопитающих доминируют не microRNA (как считалось ранее), а tsRNA (tRNA-derived small RNA) и rsRNA (rRNA-derived small RNA).
• Обнаружены беспрецедентные динамические изменения в спектрах microRNA/tsRNA/rsRNA при репрограммировании соматических клеток в индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (iPSC).
• Некоторые tsRNA и rsRNA могут влиять на синтез белка и даже на дифференцировку эмбриональных стволовых клеток.

Значение и перспективы

• Ци Цен (Qi Chen), руководитель исследования: «PANDORA-seq может широко использоваться для изучения малых РНК при различных физиологических и патологических состояниях, чтобы найти ключевые регуляторные молекулы».
• Джунчао Ши (Junchao Shi), первый автор: «Новый метод может революционизировать взгляд на мир малых РНК. Все предыдущие исследования, использовавшие традиционное секвенирование, теперь, возможно, нужно пересмотреть».
• Следующие цели — понять, как образуются и функционируют tsRNA/rsRNA в стволовых клетках, и как они управляют судьбой клеток в развитии. Это важно для диагностики, поиска терапевтических мишеней и регенеративной медицины.

Исследование опубликовано в журнале Nature Cell Biology.