Ученые создали новый компьютерный язык для моделирования признаков организмов

Разнообразие форм, цветов и поведения организмов — ключ к их выживанию и размножению. Однако описание этих признаков словами, например, "яркий, переливчатый, узорчатый хвост павлина", становится неэффективным при работе с сотнями или миллионами видов. Человеческий мозг не может обработать такой объем, а современный ИИ пока плохо справляется с пониманием естественного языка для нужд биологии.

Чтобы решить эту проблему, исследователи из Финского музея естественной истории (Джулио Монтанаро и Сергей Тарасов) с коллегами разработали специальный язык Phenoscript. Он позволяет описывать признаки так, чтобы их понимали и люди, и компьютеры, подобно программированию внешнего вида организма.

В основе языка лежит семантическая технология, которая помогает компьютерам улавливать смысл слов по контексту.

В статье, опубликованной в Biodiversity Data Journal, ученые впервые применили новый язык, создав семантические фенотипы для четырех видов навозных жуков рода Grebennikovius. Чтобы продемонстрировать силу семантического подхода, они применили простые семантические запросы к созданным описаниям признаков.

"Язык все еще тестируется, но он очень перспективен. Когда его начнут использовать многие ученые, это совершит революцию в биологии, сделав огромные массивы данных о признаках доступными для крупномасштабных исследований и ускорив развитие феномики", — поясняет Монтанаро.

Следующая цель команды — интегрировать семантические описания видов с концепцией нанопубликаций, которые инкапсулируют отдельные фрагменты информации в комплексный граф знаний. Данные, попавшие в такой граф, можно будет напрямую запрашивать, что обеспечит их соответствие принципам FAIR (находимость, доступность, совместимость и повторная используемость) через различные семантические ресурсы.