Разработан новый метод анализа клеточных функций

Исследователи из Финляндии и Германии создали открытое программное обеспечение BioImageXD, которое значительно упростит обработку данных биоимиджинга. Программа поможет анализировать функции клеток и тканей. Разработка финансировалась Академией Финляндии (программа FinNano), Европейским союзом и Tekes. Версия 1.0 BioImageXD принята к публикации в Nature Methods.

BioImageXD — это инструмент для анализа движения молекул на поверхности клеток и их связывания. С его помощью можно изучать состав клеточных поверхностей, распространение раковых клеток в трёхмерной среде или эффективность проникновения вирусов и целевых лекарств в клетки. Ранее такие расчёты были невозможны.

Современная микроскопия живых клеток и тканей генерирует огромные объёмы данных. Изображения требуют преобразования в 3D-модели, но для получения надёжных научных данных необходимы также численные значения для математических расчётов. Отсутствие подходящего ПО тормозило этот процесс.

Для решения проблемы исследователи из Турку, Ювяскюля и Дрездена разработали открытое программное обеспечение BioImageXD, свободно доступное для всех учёных.

От разработки к успешному тестированию

Уникальные особенности BioImageXD:

• Позволяет создавать новые методы анализа без навыков программирования.
• Обрабатывает тысячи изображений одновременно.
• Анализирует миллионы молекул.

Сравнительные тесты показали, что BioImageXD работает быстрее и чувствительнее аналогичных программ.

Разработка началась 10 лет назад в Университете Ювяскюля под руководством Юрки Хейно. Работа продолжалась в сотрудничестве с группой Варпу Марьёмяки и Дэниелом Уайтом из Института молекулярной клеточной биологии и генетики Макса Планка. Основную разработку возглавлял Паси Канкаанпяя из Центра биотехнологий Турку.

BioImageXD будет представлен в специальном выпуске Nature Methods, посвящённом обработке биомедицинских изображений.