Получение большего от микросателлитов
Исследование, представленное в Applications in Plant Sciences, показывает, как секвенирование нового поколения (NGS) позволяет выявить дополнительную вариацию в ДНК-маркерах рожкового дерева (Ceratonia siliqua), повышая разрешение популяционно-генетических исследований.
Проблема низкого генетического разнообразия
Популяционно-генетические исследования рожкового дерева, имеющего историческое и экономическое значение для Средиземноморья, были затруднены. Вид пережил сильный "бутылочное горлышко" (период малой численности), что снизило генетическую изменчивость. Для анализа потребовалось сосредоточиться на самых быстро эволюционирующих участках генома — микросателлитах (простых тандемных повторах).
Традиционный метод vs. NGS-подход
Обычно вариацию микросателлитов оценивают по размеру ампликона (количеству повторов). Однако после "бутылочного горлышка" этого может быть недостаточно для разрешения популяционных вопросов. Использование NGS позволило обнаружить дополнительные источники полиморфизма внутри самих ампликонов.
Результаты и перспективы
- В 87% проанализированных локусов были найдены дополнительные полиморфизмы: однонуклеотидные (SNP) и вставки/делеции (indel).
- Стоимость NGS-метода сравнялась с традиционным при работе с большим числом образцов.
- Обнаруженная дополнительная вариация уже выявила новые филогеографические паттерны, которые опровергнут предыдущие гипотезы о происхождении рожкового дерева в Средиземноморье.
Как отметил ведущий автор исследования доктор Хуан Вируэль: "Исследования, имеющие дело с очень ограниченным генетическим разнообразием... могут получить преимущество, включив информацию о последовательности".