Геномы микробов помогли предложить название для нового типа бактерий

На уровне типов (филумов) количество и разнообразие неизученных микроорганизмов всё ещё значительно превосходит число изученных. Методом метагеномики и одноклеточной геномики учёные исследуют «биологическую тёмную материю» — микробы, которые не культивируются и не изучаются в лаборатории.

В статье, опубликованной 14 мая 2013 года в Nature Communications, группа исследователей, включая специалистов из Объединённого института генома Министерства энергетики США (DOE JGI), использовала оба метода для сборки двух почти полных геномов, принадлежащих кандидатному типу OP9. Этот тип был впервые обнаружен в Обезидиан-Пул (Obsidian Pool) в Йеллоустонском национальном парке. На основании полученных данных команда предложила назвать этот тип «Atribacteria».

Геномы OP9 были собраны из отдельных клеток, собранных в горячем источнике в Калифорнии, и из метагеномного набора данных сообществ, растущих на целлюлозной биомассе в отложениях горячих источников Невады. На основе анализа клеточных структур и центрального метаболизма микробных геномов исследователи предложили назвать их соответственно «Candidatus Caldatribacterium californiense» и «Ca. Caldatribacterium saccharofermentans». Результаты показали, что OP9 может играть роль в расщеплении и использовании (геми)целлюлозы.

«Это исследование также демонстрирует полезность сочетания подходов одноклеточной и метагеномной геномики, даже в случаях, когда наборы данных происходят от разных видов или из разных сред», — добавили авторы.