Новый инструмент для поиска ключевых генов сои
Исследователи из Министерства сельского хозяйства США (USDA) в Белтсвилле, Мэриленд, разработали новый инструмент для поиска генов сои, которые сделают растения более продуктивными и устойчивыми к вредителям и болезням.
Учёные постоянно ищут гены для селекции сои, улучшающие устойчивость к болезням, урожайность, засухоустойчивость и другие важные характеристики. Инструмент был создан учёными Службы сельскохозяйственных исследований (ARS) Перри Креганом, Цицзянь Соном и Чарльзом Куигли из Лаборатории геномики и улучшения сои в Белтсвилле. С его помощью можно собрать генетическую информацию за три дня, тогда как ранее на это уходили недели.
Инструмент, названный SoySNP50K iSelect SNP BeadChip, представляет собой стеклянный чип длиной около 3 дюймов с травлёной поверхностью, содержащей тысячи ДНК-маркеров. Эти маркеры можно использовать для характеристики геномов большого количества растений сои.
Для его создания исследователи проанализировали и сравнили ДНК шести культурных и двух диких растений сои, чтобы идентифицировать однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs) — широко используемый тип молекулярных маркеров. Они сравнили SNPs восьми растений с последовательностями известного культурного сорта и получили тысячи генетических маркеров для использования в качестве ориентиров при сравнении генов разных растений сои.
Исследователи использовали чип для профилирования 96 диких и 96 культурных сортов сои, сравнивая SNP-аллели (вариантные формы) в каждой из 52 000 позиций на геноме сои, зарегистрированных на чипе. Они идентифицировали области генома, сыгравшие ключевую роль в одомашнивании растения. Результаты опубликованы в PLOS One.
Также с помощью чипа был проанализирован 18 484 культурный и 1 168 дикий образец сои из Коллекции зародышевой плазмы сои USDA в Урбане, Иллинойс. Данные внесены в базу данных генетики и геномики сои USDA-ARS (SoyBase) для доступа селекционеров и генетиков.
ARS — главное внутриведомственное научно-исследовательское агентство USDA. Это исследование поддерживает приоритет USDA по содействию международной продовольственной безопасности.