Новый инструмент для изучения генетики виноградарства
Исследователи из Университета Аделаиды разработали новый веб-инструмент, который поможет раскрыть сложную генетику и биологические процессы, стоящие за развитием виноградной лозы.
Опубликованная в журнале BMC Genomics работа описывает онлайн-базу данных, которую можно использовать для изучения того, как почти 30 000 генов работают вместе в группах и сетях, чтобы произвести лозу и её виноград.
«Сложность растений легко упустить из виду, когда мы наслаждаемся бокалом вина, — говорит руководитель проекта доцент Кристофер Форд. — Но каждая часть лозы и винограда, каждый конечный атрибут вкуса, цвета и аромата, их способность противостоять вредителям и адаптироваться к засолению — всё это представляет собой результат скоординированной экспрессии, включения или выключения, иногда тысяч отдельных генов, каждый из которых кодирует какой-то небольшой компонент конечного продукта».
Работа, проведённая аспирантом Дарреном Вонгом и постдоками Кристал Свитман и Дэмианом Дрю, описывает принцип «вины по ассоциации»: гены, включающиеся в одно и то же время и в одних и тех же тканях, вероятно, работают вместе.
«Например, если мы знаем, что существует ген, ответственный за выработку фермента, критически важного на определённой стадии производства винограда, то этот инструмент позволит нам увидеть, какие другие гены включаются в винограде в то же время», — говорит доцент Форд.
«Кластеризуя гены на основе паттернов этой "ко-экспрессии", можно идентифицировать не только те гены, участие которых мы ожидали, но и другие, чью роль в конкретной функции мы не подозревали».
База данных (названная VTCdb) находится в свободном доступе как ресурс для исследователей и селекционеров виноградной лозы.
«В конечном итоге это принесёт пользу отрасли, помогая создавать новые признаки у виноградной лозы для улучшения вкуса, качества, а также адаптации к климату и окружающей среде», — заключает доцент Форд.