Поиск генетических причин устойчивости к антибиотикам

Исследователи разработали мощный новый инструмент для выявления генетических изменений в болезнетворных бактериях, ответственных за устойчивость к антибиотикам. Результаты этой методики могут быть использованы в клиниках в течение следующего десятилетия для выбора наиболее эффективных методов лечения таких заболеваний, как пневмония и менингит.

Команда изучила геном Streptococcus pneumoniae — бактерии, ежегодно вызывающей 1,6 миллиона смертей во всем мире. В самом детальном исследовании такого рода учёные использовали полногеномный поиск ассоциаций (GWAS), чтобы обнаружить однонуклеотидные изменения в ДНК этой бактерии, которые позволяют ей избегать действия антибиотиков.

Хотя GWAS используется для определения функции генов у человека уже десять лет, до сих пор считалось невозможным применить этот метод к бактериальной ДНК.

Результаты исследования GWAS позволили преодолеть это препятствие, используя самый обширный из доступных наборов данных по S. pneumoniae. Набор из более чем 3000 образцов Streptococcus pneumoniae, выделенных почти у 1000 младенцев и матерей в лагере беженцев на границе Мьянмы и Таиланда, предоставил достаточно событий генетической рекомбинации. Это дало исследователям точные данные о местоположении изменений, вызывающих устойчивость. Второй набор из нескольких сотен изолятов был собран в Массачусетсе.

Следующий этап исследований будет включать тонкую настройку метода для идентификации генов, которые делают бактериальные штаммы более вирулентными и способствуют их передаче между хозяевами. По мере внедрения генетического секвенирования в клиники это детальное понимание будет определять стратегии контроля и лечения.