Крупнейший набор геномов паразитических червей опубликован

Самый большой из когда-либо собранных наборов геномных данных гельминтов опубликован в новой открытой базе WormBase-ParaSite. Этот ресурс, созданный совместно EMBL-EBI и Институтом Сэнгера, станет важным инструментом в борьбе с паразитическими червями, которые инфицируют более миллиарда человек по всему миру.

Круглые черви, власоглавы, анкилостомы и другие гельминты создают бремя болезней, превышающее бремя малярии или туберкулеза. Инициатива по изучению генома гельминтов (Helminth Genome Initiative), предоставившая большую часть данных для WormBase-ParaSite, — это глобальное сообщество исследователей, стремящихся снизить это бремя, выявляя уязвимости в генетическом коде червей.

Публичная база данных, финансируемая Советом по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук (BBSRC), содержит 89 черновых последовательностей геномов для 82 видов гельминтов, включая 30 опубликованных геномов. Из 59 неопубликованных геномов 44 были секвенированы в Институте Сэнгера в рамках проекта 50 Helminth Genomes, девять — в Институте генома при Вашингтонском университете, а остальные шесть — другими исследователями по всему миру.

WormBase-ParaSite объединяет эти данные, чтобы помочь исследователям находить генетические сходства у разных видов гельминтов, которые обладают общими чертами, например, способностью проникать через кожу человека. Этот подход ускорит сложный и дорогостоящий поиск генов-кандидатов.

«В целом, геномы в WormBase-ParaSite содержат около 1,5 миллиона генов, и мы использовали передовое программное обеспечение проекта Ensembl, чтобы организовать эти гены в семейные деревья, — говорит доктор Кевин Хау, руководитель проекта WormBase-ParaSite в EMBL-EBI. — Эти деревья в высоком разрешении показывают, как гены связаны между собой и как они эволюционировали. Это позволит исследователям изучать генетическую основу важных сходств и различий между паразитическими червями в беспрецедентном масштабе».

В настоящее время многие геномы в WormBase-ParaSite являются ранними черновиками и, соответственно, сильно фрагментированы. Вклад исследовательского сообщества будет постепенно заполнять эти пробелы по мере появления данных из новых исследований, создавая надежный ресурс для будущих изысканий.