Новый инструмент отслеживает геномное биоразнообразие Австралии
Первый в мире инструмент отслеживает прогресс Австралии в секвенировании полных геномов (генетических чертежей) более чем 250 000 известных и каталогизированных видов страны.
Запущенный сегодня Genome Tracker показывает, что только 2% известных и каталогизированных видов Австралии имеют хотя бы один раз секвенированный геном.
Эта онлайн-панель является частью Australian Reference Genome Atlas (ARGA) — платформы, созданной через Atlas of Living Australia, Bioplatforms Australia, Australian BioCommons и Australian Research Data Commons.
Доктор Кэтрин Холл из CSIRO, руководитель проекта ARGA, заявила, что Genome Tracker — это кардинальное изменение в том, как можно отслеживать, оценивать и определять приоритеты охвата геномными данными.
«Полное секвенирование генома растений и животных дает представление об экологии, биологии сохранения, сельском хозяйстве и биобезопасности. Оно позволяет заглянуть в эволюционное прошлое, чтобы понять, как виды адаптировались к уникальным ландшафтам Австралии. Genome Tracker наглядно показывает, какие части генеалогического древа жизни хорошо представлены, а какие недостаточно секвенированы или полностью отсутствуют. Он помогает исследователям картировать существующий геномный охват и выделяет недостаточно изученные области для исследований».
Конечная цель — опубликовать геномы для широкого спектра австралийского биоразнообразия.
«Геномы помогают нам понять адаптивные признаки видов — как они уникально приспособились к своей среде и как эволюционируют. Более высокие ветви в таксономическом древе жизни представляют более древнее геномное расхождение».
Genome Tracker сообщает, что эти древние ветви в настоящее время имеют всего 32% геномного охвата. Улучшение их представленности углубит наше понимание того, как виды диверсифицировались и эволюционировали с течением времени.
«Это захватывающее время для биологии. Геномы дают нам дорожные карты, чтобы проследить, как жизнь стала такой, какая она есть сегодня, и как мы можем использовать эти знания, чтобы защитить ее для будущих поколений. Мы можем посмотреть, что вызвало изменения в организмах, и это может помочь предсказать, как виды могут адаптироваться в будущем. По мере изменения экосистем эти данные выделяют популяции для мониторинга, сохранения и защиты».
Таксономические дескрипторы, записи о встречаемости видов и наложение экотипов позволяют исследователям использовать ARGA для фильтрации и поиска индексированных геномных данных и отслеживания каждого вида в Австралии.
Genome Tracker и ARGA используют существующие исследовательские инфраструктурные возможности Atlas of Living Australia (ALA) — национальной инфраструктуры данных о биоразнообразии Австралии, которую размещает национальное научное агентство CSIRO.