Вариации генома SARS-CoV-2 помогают понять скорость его распространения

Скорость передачи SARS-CoV-2 по миру варьировалась вместе с изменениями в его геноме. Мониторинг генома вируса может помочь органам здравоохранения выявлять регионы, где вероятна вспышка инфекции.

Исследователи из Калифорнийского университета в Дэвисе проанализировали 150 штаммов SARS-CoV-2 (в основном из вспышек в Азии до 1 марта 2020 г.) вместе с эпидемиологическими данными. Вспышки классифицировали по стадиям: начальная, взлёт, экспоненциальный рост и спад. Лёгкость передачи вируса определяется репродуктивным числом R (среднее число новых заражений от одного инфицированного).

Эту информацию объединили в метрику GENI (pathogen genome identity). Хотя у SARS-CoV-2 всего 15 генов, он постоянно мутирует. Большинство изменений незначительны, но иногда вирус становится более или менее заразным. Например, оценки R на 1 марта варьировались от менее 2 в Китае до 8 в Италии.

Сравнение показателей GENI с фазой эпидемии показало, что рост генетической вариативности непосредственно предшествовал экспоненциальному росту случаев. Так было в Южной Корее в конце февраля. В Сингапуре же всплески вариаций были связаны с меньшими вспышками, которые удавалось быстро взять под контроль.

Команда планирует провести более глубокий анализ с использованием 2000 доступных геномов SARS-CoV-2. Сочетание геномной и эпидемиологической информации может позволить властям лучше прогнозировать, где назревает резкий рост случаев COVID-19.