Исследование генома коал для изучения ретровируса и болезней
Два ведущих учреждения из Сан-Диего — San Diego Zoo Wildlife Alliance и гигант в области секвенирования ДНК Illumina — объединились для изучения генетической информации почти 100 коал за 30 лет. Цель — лучше понять коалий ретровирус (KoRV).
Связь вируса и болезней
Учёные подозревают, что определённые варианты KoRV (который есть у всех коал) связаны с распространёнными у них заболеваниями: лейкемией, лимфомой и смертельными грибковыми инфекциями. KoRV встроен в гены коал и передаётся по наследству.
Масштабный генетический анализ
Для секвенирования использовали образцы от 91 ныне живущей в зоопарке коалы, а также образцы из криобанка («замороженного зоопарка»), начиная с 1970-х годов. ДНК из образцов выделили и секвенировали в лаборатории Illumina в Сан-Диего.
Уникальность данных
Как объяснила Эшли Ван Зееланд из Illumina, уникальность этого набора данных в том, что поколения генетической информации сопоставлены с тщательно задокументированными медицинскими записями. Это позволяет, например, изучить связь между причиной смерти коалы и её родителей.
Поиск паттернов интеграции
Исследователи ищут закономерности того, куда именно KoRV встраивается в ДНК коалы (это происходит в разных местах у разных особей). Анализ этих паттернов интеграции и их связи с конкретными болезнями может показать, какие гены нарушаются, включаются или выключаются, что влияет на здоровье.
Практическое применение для сохранения вида
Знание о том, какие паттерны интеграции связаны с проблемами здоровья, поможет информировать стратегии размножения коал в программах сохранения. Это позволит снизить ещё один фактор стресса для популяции, уже страдающей от изменения климата и исчезновения среды обитания.
Технологический прогресс
Хотя геном коалы уже секвенировали ранее, масштаб этого проекта стал возможен благодаря резкому снижению стоимости секвенирования. Как отметили специалисты, если в 2015 году это стоило 1000–2000 * *загеном, тосейчас—около * *200.
Этот проект, поддержанный инициативой Illumina iConserve, создаст крупнейшую в мире геномную базу данных по родословной североамериканской популяции коал. В нём также участвуют Университет Сиднея, Австралийский музей, Университет Ноттингема, Институт зоологии и дикой природы им. Лейбница и ZooParc de Beauval.