Новая генная технология упрощает характеристику сообществ фитопланктона
Одноклеточные микроорганизмы — самая многочисленная и разнообразная форма жизни на Земле. В докторской диссертации, защищаемой в Университете Йювяскюля, была разработана новая генная технология для замены трудоёмкой микроскопической идентификации мелких видов фитопланктона. Метод может быть полезен, например, для обнаружения явлений, вызванных изменением климата. Новая методика может использоваться для мониторинга цветения вредоносных цианобактерий.
Микробы играют важную роль в экосистеме Земли. Они есть практически везде, хотя и скрыты от человеческого глаза. Исследование микробного мира — это вызов, и постоянно разрабатываются новые, более точные методы.
«Хотя и невидимые, микробы населяют наши тела, нашу пищу, нашу среду обитания, воздух и почти каждый уголок нашего окружения. Новые методы необходимы, чтобы лучше понять роль микробов в меняющемся мире», — говорит аспирант Университета Йювяскюля Анита Мяки.
В своей докторской диссертации Мяки сосредоточилась особенно на фитопланктоне. Эти микробы являются основными продуцентами океанов, озёр и рек и в значительной степени ответственны за производство необходимого кислорода, потребляя углекислый газ. В исследовании использовались как выращенные в лаборатории виды фитопланктона, так и образцы, собранные из 83 финских озёр.
«Цветение вредоносных цианобактерий из-за увеличения поступления питательных веществ и изменения климата — пример того, почему важно отслеживать образцы фитопланктона. Новый генетический метод предлагает более эффективные способы сделать это», — говорит Мяки.
Новый метод позволяет проводить более комплексный анализ различных организмов
Анита Мяки разработала новый метод высокопроизводительного секвенирования на основе экспрессированной РНК. Метод позволяет проводить более комплексный анализ различных организмов, как ядерных, так и безъядерных микробов, одновременно.
«По оценкам, мы делим Землю примерно с 1011–1012 видами микробов, и около 99,999 процента этих видов ещё не идентифицированы. Считается, что кишечник человека содержит около 1014 бактериальных клеток, а общее количество бактериальных и архейных клеток на всей планете оценивается в 1030. Характеристика микробных сообществ как на организменном, так и на глобальном уровнях, следовательно, является сложной задачей. Наши знания об экологической значимости микробов возросли, и всё больше требуется новых, достаточно практичных и эффективных методов исследования», — говорит Мяки.