Исторические генетические данные можно извлечь даже из старых музейных образцов в формалине
Биоразнообразие находится под угрозой из-за климатического кризиса, и естественнонаучные коллекции играют критическую роль как репозитории исторических данных. Однако для многих видов восстановление исторических генетических данных было затруднено методами консервации.
Биоразнообразие в банках
Австралия — глобальный хот-спот биоразнообразия с более чем полумиллионом видов, но также и мировой лидер по вымираниям. База данных Atlas of Living Australia содержит около 2 миллионов записей о позвоночных. Генетические данные из образцов, собранных за последние 200–300 лет, могут улучшить меры по сохранению видов.
Проблема формалина
Около одной трети из 2 миллионов образцов в национальной базе данных хранятся в жидкости, часто с использованием формальдегида. В то время как высушенные образцы (насекомые, растения, чучела) позволили восстановить множество генетических данных, формалин сохраняет ткани, создавая сшивки между молекулами, что делает экстракцию ДНК крайне сложной.
Это создало пробел в доступности исторической ДНК для большинства рыб, амфибий и рептилий.
Новый метод для «сложных» образцов
До недавнего времени получение пригодных генетических данных из образцов в формалине было делом случая с упором на неудачи. Кураторы музеев неохотно разрешали повреждение драгоценных образцов для исследований с низкой ожидаемой успешностью.
Новое исследование предлагает решение:
- Быстрая проверка кишечника животного и измерение уровня формальдегида в банке помогают определить, какие образцы стоит использовать.
- Разработан единый метод экстракции ДНК, который хорошо работает как на образцах, фиксированных формалином, так и на образцах в этаноле. Это особенно важно, так как история консервации старых образцов часто неизвестна.
Это позволяет собирать высококачественные исторические данные даже из давно заброшенных банок с полуразрушенными образцами, заполняя пробелы в наших знаниях о биоразнообразии.