Система именования фрагментов тРНК для повышения продуктивности исследований и стандартизации
Фрагменты транспортной РНК (тРНК), ранее считавшиеся клеточными отходами, теперь признаны функциональными молекулами, играющими разнообразные роли во всех доменах жизни. Они представляют активный интерес для исследований таких областей, как болезнь Паркинсона и онкология.
До сих пор у научного сообщества не было четкой стандартизированной системы для идентификации и именования этих фрагментов (тРНК-производных РНК). Это затрудняло сравнение и воспроизведение результатов в данной области.
Для решения этой проблемы группа профессора Тодда Лоу из UC Santa Cruz совместно с профессором Марком Кеем из Стэнфорда и другими лидерами в исследованиях тРНК разработала новую схему именования. Стандарт был выработан на основе консенсуса и коллаборации.
Для продвижения новой системы лаборатория Лоу создала бесплатный открытый веб-сервер. Исследователи могут:
- Вставить последовательность фрагмента тРНК и получить единое, биологически информативное имя с дополнительными аннотациями и графиками.
- Ввести имя последовательности и получить соответствующие ей точные нуклеотидные основания.
Новая схема именования позволяет легко определить:
- Происхождение фрагмента в геноме.
- Происходит ли он из одной или нескольких тРНК.
- Наличие вариаций между секвенированным фрагментом и референсной тРНК.
В организме человека существует более 500 различных генов тРНК, и понимание происхождения фрагмента критически важно для выяснения его функции.
Фрагменты тРНК выполняют множество ролей: одни способствуют росту клеток, помогая сборке рибосом, другие — блокируют производство белка. Некоторые связываются с ключевыми белками, влияя на запрограммированную гибель клеток, а третьи экспортируются во внеклеточные микро-везикулы для межклеточной коммуникации. Сотни типов этих фрагментов представляют собой новый слой тонкой регуляции клеток и перспективный класс биомаркеров для ранней диагностики заболеваний.
Профессор Лоу надеется, что редакторы научных журналов начнут требовать использования этой системы для ускорения сравнения и интеграции результатов. Исследователи могут использовать свои внутренние идентификаторы в статьях при условии указания систематического имени.
В будущем группа Лоу планирует объединить программное обеспечение для именования с другим своим инструментом, который картирует модификации тРНК, а также применить новую систему к публичным наборам данных и включить их в Genomic tRNA Database (GtRNAdb).