Новое ПО автоматизирует и улучшает филогеномику на основе данных секвенирования нового поколения

Традиционные методы реконструкции филогенетических деревьев из данных секвенирования нового поколения требуют трудоёмкой комбинации биоинформатических процедур: сборки генома, предсказания генов, идентификации ортологов и множественного выравнивания. Поэтому в последнее время учёные чаще полагаются на более простой метод, при котором короткие прочтения последовательностей от каждого вида выравниваются непосредственно с геномной последовательностью одного референсного генома.

Авторы работы, Бертельс и др., в онлайн-публикации журнала Molecular Biology and Evolution не только показали, что этот простой метод может приводить к значительным ошибкам и смещениям в реконструкции филогении, но и разработали новый онлайн-инструмент REALPHY (reference sequence alignment based phylogeny builder). Он автоматически реконструирует эволюционные деревья из данных, сгенерированных секвенированием нового поколения, избегая этих ошибок.

Применяя новый метод к нескольким наборам бактериальных геномов, авторы показали, что он как минимум не уступает по точности, а часто и превосходит традиционные методы.

«Мы считаем, что REALPHY позволит любому исследователю легко получать точные филогении из данных секвенирования нового поколения», — заявил автор-корреспондент Фредерик Бертельс из Базельского университета (Швейцария).

ПО достаточно просто для использования биологами без глубоких знаний в биоинформатике. REALPHY доступен через веб-сервер, что позволяет быстро и автоматически генерировать множественные выравнивания последовательностей из данных геномного секвенирования различных форматов (например, данные Illumina, черновые или полностью секвенированные геномы) и автоматически реконструировать на их основе филогенетические деревья.