Выделение ДНК неандертальцев из современной человеческой контаминации

Извлечение древней ДНК обычно требует особых мер предосторожности, чтобы не допустить смешивания ДНК исследователей или окружающей среды с ДНК из ископаемого образца. Однако многие древние окаменелости десятилетиями хранились в музейных коллекциях и были загрязнены ДНК современного человека ещё до попадания в ДНК-лабораторию.

Новый метод, представленный на этой неделе в онлайн-издании журнала PNAS, предлагает решение этой проблемы. Статистическая модель, позволяющая обнаружить деградацию в последовательностях ДНК, способна изолировать ДНК из древних костей даже тогда, когда она значительно уступает по количеству современной ДНК-контаминации — не в лаборатории, а с помощью компьютера.

"Многие чрезвычайно интересные наборы данных ДНК древних людей никогда не становятся доступными из-за контаминации. Идея этого метода заключалась в том, чтобы изменить эту ситуацию", — говорит Понтус Скоглунд, ведущий автор исследования и PhD в области эволюционной генетики Уппсальского университета.

Чтобы применить метод к реальному образцу, Понтус Скоглунд и его научный руководитель Маттиас Якобссон, профессор кафедры эволюционной биологии Уппсальского университета и старший автор исследования, объединились с Йоханнесом Краузе и Сванте Паабо из Института эволюционной антропологии Макса Планка в Лейпциге (Германия). У них была секвенированная митохондриальная ДНК из кости неандертальца из Окладниковской пещеры на Алтае в Сибири, но в кости также была обнаружена ДНК современного человека. Применение нового метода позволило удалить современную человеческую ДНК, и полный митохондриальный геном индивида из Окладникова показал, что он тесно связан с другими неандертальцами в Европе.

Недостатком в настоящее время является то, что ДНК должна быть возрастом не менее тысячи лет, чтобы её можно было отделить от современной ДНК, поэтому исследования недавних исторических индивидов по-прежнему сталкиваются со многими трудностями.

"Есть много действительно интересных древних человеческих останков, которые мы можем спасти от сильной контаминации с помощью этого метода. И метод не ограничивается неандертальцами, даже останки анатомически современных людей, загрязнённые современными людьми, можно спасти", — говорит Маттиас Якобссон.