Обнаружение инвазивных видов с помощью анализа ДНК окружающей среды

Исследовательская группа под руководством доктора МИНАМОТО Тосифуми, доктора УТИИ Кимико и доктора ДОИ Хидэюки использовала ДНК окружающей среды (eDNA) для количественной оценки доли японского аборигенного карпа по отношению к инвазивным штаммам из Евразии. Их метод основан на анализе однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Результаты опубликованы в журнале Molecular Ecology Resources 27 августа.

Методология

• Анализ eDNA позволяет отслеживать распределение водных организмов без их отлова, анализируя ДНК, присутствующую в воде.
• Группа разработала процедуру на основе Cycleave PCR, которая дифференцирует и количественно определяет относительную долю аборигенных и инвазивных генотипов по одному SNP в последовательности ДНК.

Применение к карпу

• Метод был опробован на японском аборигенном карпе и инвазивном штамме из Евразии (эти штаммы разошлись несколько миллионов лет назад).
• Анализ eDNA из аквариумов позволил точно определить относительные пропорции штаммов.
• Применение метода в реках и водохранилищах западной Японии показало, что инвазия чужеродного карпа значительно продвинулась.

Значение исследования

Аборигенные и инвазивные штаммы одного вида часто неразличимы внешне, что затрудняет мониторинг. Их конкуренция и гибридизация негативно влияют на аборигенные виды, угрожая биоразнообразию. Новый метод позволяет быстро и легко определять степень инвазии чужеродных штаммов у различных водных видов.