Новый набор данных помогает производителям томатов снизить распространение бактериального рака

Бактериальный рак томата — заболевание, которое может привести к значительным потерям в тепличном и полевом производстве. Его вызывает бактериальный патоген Clavibacter michiganensis. Лучший способ контроля — использование чистых семян и соблюдение строгих санитарных норм.

Группа фитопатологов, в основном из Калифорнийского университета в Дэвисе, начала изучать Clavibacter после того, как специалисты по распространению знаний принесли образцы больных растений. Их целью было создать диагностическую платформу для специфического выявления именно патогена томатов, так как некоторые штаммы Clavibacter не вызывают болезней.

Используя огромный прогресс в области секвенирования ДНК за последние 10 лет, исследователи смогли идентифицировать генетические области, которые позволяют обнаруживать возбудителя бактериального рака томата без ложноположительных реакций с непатогенными бактериями. Они проанализировали геномы 37 различных штаммов Clavibacter, чтобы найти участки, присутствующие только у Clavibacter michiganensis. На основе этой информации была разработана диагностическая платформа.

«Эта диагностическая платформа основана на амплификации трёх мишеней: двух специфичных для Clavibacter michiganensis и одной — положительного контроля», — пояснила фитопатолог Гитта Коакер. «Платформа доступна для использования без ограничений и должна облегчить распространение чистых семян томатов среди производителей».

В статье в журнале Phytopathology Коакер и её команда опубликовали обширные геномные наборы данных, позволяющие другим организациям разрабатывать собственные специфичные тесты для обнаружения Clavibacter michiganensis. Внедрение этого анализа в полевых условиях поможет производителям томатов снизить распространение болезни за счёт более лёгкого скрининга заражённых растений и семенного материала.