Новый биоинформатический инструмент идентифицирует и классифицирует системы CRISPR-Cas

Новый автоматизированный конвейер CRISPRdisco (CRISPR discovery) помогает исследователям идентифицировать CRISPR-повторы и cas-гены в сборках геномов. Его цель — повысить полезность и доступность всё более разнообразных систем редактирования генома CRISPR-Cas. Свободно доступное программное обеспечение предоставляет стандартизированные методы высокопроизводительного анализа, которые обнаруживают CRISPR-повторы и точно определяют класс, тип и подтип системы. Описание инструмента опубликовано в журнале The CRISPR Journal.

CRISPRdisco был создан в лаборатории Университета штата Северная Каролина под руководством Родольфа Баррангу, главного редактора The CRISPR Journal. Соавторами статьи «CRISPRdisco: An Automated Pipeline for the Discovery and Analysis of CRISPR-Cas Systems» выступили Александра Кроули (Университет штата Северная Каролина) и Джеймс Хенриксен (AgBiome).

В этом исследовании учёные использовали CRISPRdisco для идентификации и классификации возможных систем CRISPR-Cas в 2777 полных геномах из базы данных NCBI RefSeq. Они подчеркнули важность возможности отличать полные системы CRISPR от неполных, а также определять связь между потенциально полными и функциональными системами CRISPR-Cas in vivo и их разнообразием in silico. Ключевое преимущество платформы — её доступность для всех через GitHub, что позволяет новичкам исследовать и характеризовать системы CRISPR-Cas в различных геномных наборах данных.

Как отмечает исполнительный редактор The CRISPR Journal Кевин Дэвис, новые биоинформатические инструменты, программы и базы данных помогают двигать революцию CRISPR вперёд.