Новая техника CETCh-seq для поиска генетических «переключателей»
Доктор Эрик Менденхолл из Университета Алабамы в Хантсвилле и его команда разработали новый метод CETCh-seq для точного определения энхансеров — участков ДНК, которые контролируют включение и выключение генов.
Проблема поиска
В геноме человека более миллиона таких «переключателей». Хотя некоторые из них изучены и связаны с заболеваниями, функция большинства остаётся неизвестной. Стандартный метод ChIP-seq, использующий антитела для поиска белков на энхансерах, эффективен лишь в 5% случаев.
Решение: объединение двух технологий
Исследователи совместили ChIP-seq с системой редактирования генома CRISPR/Cas9:
- CRISPR/Cas9 используется для точного размещения «маячка» в целевом энхансере.
- Затем ChIP-seq позволяет легко обнаружить сайты связывания специфических транскрипционных факторов с ДНК.
Этот гибридный метод получил название CETCh-seq.
Значение и перспективы
- CETCh-seq работает значительно быстрее и надёжнее, чем ChIP-seq в одиночку.
- Метод открывает путь к пониманию роли конкретных транскрипционных факторов и их энхансеров в развитии болезней.
- Это важный шаг к разработке более целенаправленных лекарств на молекулярном уровне.
Статья «CETCh-seq: CRISPR epitope tagging ChIP-seq of DNA-binding proteins» с описанием метода опубликована в журнале Genome Research.