Порядок имеет значение в выравнивании белковых последовательностей

Исследователи из Университетского колледжа Дублина (UCD) обнаружили, что для крупных выравниваний белковых последовательностей порядок, в котором сравниваются последовательности, имеет значение. Результат работы программы для выравнивания зависит от порядка, в котором последовательности в неё подаются.

Что такое выравнивание последовательностей?

• Парное выравнивание помогает найти идентичные участки конкретного белка у пары видов (например, человека и шимпанзе).
• Множественное выравнивание позволяет выявить участки белка, консервативные у всех млекопитающих или даже более крупных групп видов.
• Очень большие выравнивания помогают понять, какие части белков важны (если участок идентичен у всех млекопитающих, он, вероятно, важен), и дают представление о трёхмерной структуре белков.

Суть открытия

Авторы работы — аспирант Киран Бойс, доктор Фабиан Сиверс и профессор Дес Хиггинс (UCD Conway Institute & Systems Biology Ireland) — установили, что результат множественного выравнивания зависит от порядка входных последовательностей.

Это неожиданное открытие, поскольку выравниваниями последовательностей занимаются десятилетиями, не зная о такой зависимости от порядка ввода. Оно важно, потому что предполагает, что большинство научных публикаций, использующих крупные множественные выравнивания, вероятно, не предоставили достаточной информации для воспроизведения своих результатов.

Последствия для науки

Воспроизводимость — важная часть науки. Обычно при выполнении выравнивания учёные указывают детали о программе и настройках. Результаты Бойса и соавторов показывают, что порядок последовательностей — это тоже важный параметр, который, возможно, теперь необходимо указывать.

Открытый вопрос, оставшийся в работе: как сделать программы для выравнивания независимыми от порядка или как выбрать наилучший возможный порядок.