Первый крупный анализ подгруппы грибов Aspergillus
22 октября 2018 года в журнале Nature Genetics опубликованы результаты первого масштабного анализа подгруппы (секции Nigri) грибов рода Aspergillus. Исследование провели учёные из Технического университета Дании, Объединённого института генома Министерства энергетики США (DOE JGI) и Объединённого института биоэнергетики (JBEI).
Важность рода Aspergillus
Aspergillus — важнейший род грибов с широким спектром применений: от биотехнологии и производства ферментов до сельского хозяйства и здоровья человека.
Масштаб исследования
В рамках долгосрочного проекта по секвенированию более 300 геномов Aspergillus команда проанализировала секцию Nigri. Ранее были секвенированы 6 геномов этой подгруппы; JGI добавил к ним ещё 23 генома (20 видов и несколько изолятов Aspergillus niger).
Цели и результаты
- Сравнительный анализ: Созданный компендиум позволяет проводить внутривидовые сравнения в секции Nigri и сравнивать её с другими группами рода.
- Изучение эволюции: Внутривидовая сравнение даёт возможность изучать видообразование и эволюцию грибов.
- Практическая польза: Построение генетического профиля секции помогает связать гены с фенотипами, идентифицировать новые уникальные ферменты и гены биосинтеза полезных соединений.
- Новые гены: Обнаружены тысячи новых генов. Выявлены как видоспецифичные кластеры генов (вторичный метаболизм, регуляция), так и уникальные для каждого гриба наборы генов вторичного метаболизма.
- Миссия DOE: Расширение каталога углеводно-активных ферментов (CAZymes) для деградации растительных клеточных стенок, что важно для производства биотоплива.
Перспективы
Исследователи планируют сообщать о других секциях рода Aspergillus по мере секвенирования, отмечая огромное разнообразие и потенциал для биоэнергетики, биотехнологии и биотерапии.
Все опубликованные геномы Aspergillus доступны на портале JGI Mycocosm: genome.jgi.doe.gov/Aspergillus.