Новый метод амплификации всего генома снижает погрешности других методов

Исследователи из Гарвардского университета разработали новый метод амплификации всего генома, превосходящий существующие. В статье в журнале Science они описали свою технику и её эффективность при измерении однонуклеотидных вариаций в человеческой клетке после воздействия ультрафиолетового излучения.

Изучение различий между почти идентичными клетками (например, эмбриональными) требует инструментов для амплификации генетических вариаций. Один из таких инструментов — MALBAC, используемый для скрининга эмбрионов при ЭКО. Однако он подвержен аллельному дропауту, что ограничивает его способность определять однонуклеотидные вариации.

Новый метод, Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI), по утверждению авторов, обладает килобазным разрешением.

Как работает LIANTI:

• Метод фрагментирует генетический материал клетки с помощью специально сконструированного транспозона.
• Этот транспозон содержит 19 пар оснований двуцепочечного сайта связывания транспозазы и одноцепочечную петлю промотора T7.
• Транспозон несёт промотор — участок ДНК, запускающий транскрипцию.
• Промотор используется для амплификации нижележащей ДНК, что позволяет создать библиотеку для секвенирования.

Тестирование метода:

Исследователи облучили человеческие клетки ультрафиолетом и измерили вариации. Метод LIANTI охватил 97% генома, что значительно лучше результатов других методов.