Новый выпуск веб-ресурса разрешает путаницу с названиями растений

Научное (таксономическое) название организма — ключ к поиску информации о нём. Однако данные о генетике, экологии и сельскохозяйственных особенностях каждого известного растения хранятся в разбросанных по всему миру репозиториях, что создаёт почву для путаницы из-за множественных записей одного вида под разными названиями.

В сети запущена третья и наиболее полная версия веб-ресурса Taxonomic Name Resolution Service (TNRS) (tnrs.iplantcollaborative.org). Его создали участники финансируемого Национальным научным фондом (NSF) проекта iPlant Collaborative совместно с Миссурийским ботаническим садом и сетями Botanical Information and Ecology Networks (BIEN).

По данным учёных TNRS, до 30% названий в крупных биологических базах данных содержат ошибки. Такая высокая доля ошибок снижает уверенность в точности науки и ограничивает возможности по поиску и использованию информации о растениях.

Новая версия TNRS разрешает таксономические названия растений (часто из списков, содержащих тысячи имён) с помощью процесса точного сопоставления, парсинга для разбивки названий на составные части и нечёткого сопоставления для поиска близких совпадений.

Наследие Линнея

В 1753 году Карл Линней опубликовал Species Plantarum, представив латинскую систему наименований. Эта система до сих пор лежит в основе коммуникации учёных. Однако для многих исследований первый важный шаг — разрешить различия в таксономических названиях изучаемых растений.

Например, у томата сложная таксономическая история. Изначально названный Линнеем Solanum lycopersicum, он позже был перенесён в род Lycopersicon и долго назывался как Lycopersicon lycopersicum, так и Lycopersicon esculentum. Недавние исследования ДНК показали, что томат действительно принадлежит к роду Solanum, поэтому первоначальное название Линнея должно быть восстановлено. Для доступа ко всем данным по этому виду необходимо искать все три названия.

Ключевые возможности TNRS 3.0

Важнейшая особенность TNRS версии 3.0 — возможность иерархического разрешения имён с использованием нескольких таксономических источников. Теперь доступны четыре источника:

• Tropicos®
• Таксономическая база данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI)
• База данных растений Министерства сельского хозяйства США (USDA)
• Глобальный контрольный список Compositae

Добавление новых источников таксономических названий значительно расширило географический охват разрешаемых TNRS названий видов растений за пределы Америки.

Ботаническое сообщество приглашают к сотрудничеству для добавления своих таксономических источников в TNRS. Исходный код TNRS выпущен с открытой лицензией, и разработчиков поощряют расширять его для разрешения таксономических названий других групп организмов.