Десятилетие улучшений референсного генома зелёной водоросли
Высококачественная последовательность генома крошечной одноклеточной водоросли Chlamydomonas reinhardtii оказалась полезной для исследователей, изучающих фотосинтез и подвижность клеток.
С момента, когда исследователи начали планирование секвенирования и последующей аннотации генома хламидомонады, постоянно вносились улучшения в сборку генома.
Зелёная водоросль Chlamydomonas reinhardtii (часто называемая просто "Хлами"), размер которой оценивается всего в одну пятидесятую часть крупинки соли, интересует учёных, потому что её эволюционное положение на временной шкале расхождения растений и животных означает наличие у неё черт, встречающихся у животных, но утраченных наземными растениями. Для Объединённого института генома Министерства энергетики США (DOE JGI) одной из движущих сил секвенирования её генома являются фотосинтетические способности водоросли. Понимание этих путей может привести к повышению урожайности растительной биомассы для производства биотоплива.
В обзоре, опубликованном онлайн 17 июня 2014 года в Trends in Plant Science, команда под руководством исследователей из DOE JGI рассматривает работу, проделанную с геномом хламидомонады за последнее десятилетие, и планы на будущее. С момента публикации чернового генома водоросли в журнале Science семь лет назад, исследователи DOE JGI работали над улучшением доступных последовательностей. Например, в 2012 году общедоступная для научного сообщества сборка генома была уже 5-й итерацией и использовала данные секвенирования, полученные с помощью двух разных технологий. Что ещё важнее, предсказания моделей генов за эти годы были существенно улучшены, отчасти благодаря экспериментам, предоставившим данные об экспрессии генов.
«Благодаря высококачественной последовательности генома и значительному объёму доступных данных об экспрессии, а также усилиям сообщества по функциональной аннотации, модели генов в флагманском геноме DOE JGI для Chlamydomonas представляют собой наиболее тщательно курируемые геномные данные для любой водоросли», — написали авторы. Все омиксные данные о водоросли, включая последнюю модель генов (версия 5.5), выпуск которой запланирован на этот год, находятся в открытом доступе на Phytozome, портале DOE JGI по геномике растений.
Обилие доступной информации также побудило исследовательскую группу DOE JGI и их коллабораторов разработать руководящие принципы для наименования генов и создания генетических символов. «Если в будущем наименование генов будет следовать изложенной политике, это поможет максимизировать пользу, которую сообщество исследователей хламидомонады извлечёт из своего геномного проекта, особенно по мере продолжения его доработок и развития в будущем», — отметили они.