Объяснение формы листа с помощью системной биологии
Используя методы системной биологии, Барбара Теребенец определила гены, контролирующие форму листа у европейской осины.
Исследование генетической сети
- Цель: Изучить, какие факторы определяют форму листа, сфокусировавшись на одном из самых очевидных признаков растений.
- Подход: Использование биоинформатических методов и системной биологии для анализа всей сети генетических факторов и их взаимодействий.
- Результат: Форма листа определяется сложной сетью множества генов, каждый из которых вносит небольшой вклад в конечную форму.
Методы и выводы
- Сравнение геномов: Сравнение генетического состава осин с разной формой листьев позволило идентифицировать гены, ассоциированные с этим признаком.
- Изучение развития: Анализ генетического состава листьев разного возраста с одного дерева показал, что многие из этих генов также играют роль на ранних стадиях развития листа. Исследовательница наблюдала за развитием листа от начала до распускания почки под микроскопом.
- Пространственная транскриптомика: В рамках подпроекта с SciLifeLab был оптимизирован метод пространственной транскриптомики для почек осины. Однако из-за слишком малого размера ткани не удалось пространственно определить, какие гены активны на стадии очень молодого листа.
Побочный проект: FreezFiler
Из-за сложностей с учётом образцов в обычных морозильниках при -80°C Барбара Теребенец два года назад начала разработку цифровой системы FreezFiler. Система использует компьютерное зрение для считывания штрих-кодов с образцов, что упрощает инвентаризацию. Сейчас идёт процесс регистрации компании и запуска первого продукта.