Генетическое расхождение между рыбьими патогенами

Бактерия Edwardsiella tarda может инфицировать ряд видов животных, а также человека. Эдвардсиеллёз — одно из наиболее серьёзных системных бактериальных заболеваний у рыб, наносящее значительный ущерб аквакультуре по всему миру.

Такеле Абайне Тефера разработал эффективные молекулярные инструменты для идентификации и характеристики различных штаммов Edwardsiella. Он создал новый анализ с помощью ПЦР в реальном времени по методу TaqMan и обычной ПЦР, а затем оценил его в сравнении с изотермической амплификацией с петлевой обратной связью (LAMP). Впервые он также применил мультилокусный анализ последовательностей (MLSA) для типирования и характеристики E. tarda, выделенных из разных источников. Это полезный инструмент для выявления источников инфекции и понимания эпидемиологической связи между изолятами из окружающей среды, рыб, скота и людей.

Анализ MLSA показал существование географических и хозяин-специфичных генотипов вида E. tarda. Было обнаружено, что штаммы бактерий от рыб лишь отдалённо родственны типовому штамму E. tarda и другим штаммам от человека. Генетический и фенотипический анализы также подтвердили генетическое расхождение между этими штаммами бактерий.

Результаты исследования указывают, что рыбо-патогенный штамм был ошибочно классифицирован как E. tarda. Фенотипическая характеристика с помощью ряда биохимических тестов и исследования патогенности на рыбке данио-рерио выявила фенотипические маркеры, которые также дифференцируют рыбо-патогенные штаммы от референсной бактерии.

Основываясь на генетических и фенотипических различиях, Тефера и его коллеги предложили, чтобы рыбо-патогенные штаммы Edwardsiella, ранее классифицированные как Edwardsiella tarda, были переклассифицированы как новый вид: Edwardsiella piscicida. Этот новый вид был утверждён и включён в номенклатуру прокариот.

Работа Теферы также привела к внедрению нового мультилокусного анализа тандемных повторов с переменным числом повторов (MLVA) для дальнейшего типирования различных изолятов нового вида бактерий Edwardsiella piscicida. Использование этого метода оказалось более чувствительным, чем анализ MLSA, при расследовании вспышек E. piscicida.

Такеле Абайне Тефера защитил докторскую диссертацию 26 ноября 2013 года в Норвежской школе ветеринарных наук. Тема диссертации: «Рыбо-патогенная Edwardsiella tarda: оценка методов молекулярной идентификации и характеристика нового вида».