Ресеквенирование 50 образцов риса проливает новый свет на молекулярную селекцию

Исследование по ресеквенированию 50 образцов культурного и дикого риса, проведенное компанией BGI, опубликовано в Nature Biotechnology. Оно предоставляет один из крупнейших наборов данных о геномных вариациях для риса, что ценно для селекции и поиска агрономически важных генов.

Рис кормит более половины населения мира. Азиатский культурный рис (Oryza sativa), как считается, был одомашнен от популяций дикого риса O. rufipogon и O. nivara около 10 000 лет назад.

В ходе исследования ученые секвенировали 40 культурных образцов, представляющих основные группы азиатского риса, и 10 образцов их диких предков. Было получено 6,5 миллионов высококачественных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP).

«Это один из крупнейших высококачественных наборов данных SNP, полученных для риса», — отметил Синь Лю, соавтор работы.

Используя эти данные, исследователи успешно идентифицировали тысячи генов со значительно меньшим разнообразием у культурного риса по сравнению с диким, что указывает на области, подвергшиеся отбору при доместикации. Метод подтвердил свою валидность, точно выявив два известных гена доместикации — prog1 и sh4.

Результаты также поддерживают гипотезу о независимом одомашнивании двух основных подвидов культурного риса — japonica и indica, и предполагают, что japonica был одомашнен от китайского штамма O. rufipogon.

«Миллионы данных SNP, полученные в этом исследовании, служат ценным ресурсом для быстрой идентификации агрономически важных генов риса», — сказал Сюй Сюй, ведущий автор статьи. Это может ускорить глобальные усилия по улучшению качества и урожайности риса.