Использование собственного референсного генома вида оптимально для вызова SNP

Исследователи из Тропического ботанического сада Сишуанбаньна Китайской академии наук оценили преимущества и ограничения двух подходов, основанных на референсном геноме: использование генома близкородственного вида и использование собственного генома изучаемого вида.

В исследовании, опубликованном в Plant Science, использовались данные RAD-seq от 242 особей тропического дерева Engelhardia roxburghiana (семейство Ореховые). Для вызова однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с помощью биоинформатического ПО STACKS сравнивались два референсных генома:

• Геном близкородственного вида (Pterocarya stenoptera).
• Собственный геном изучаемого вида (Engelhardia roxburghiana).

Ключевой результат: Количество обнаруженных SNP значительно различалось. Использование собственного генома вида дало значительно больше SNP, чем использование генома близкородственного вида.

"Этот результат указывает, что выбор собственного генома вида в качестве референсного является оптимальным решением для вызова SNP", — отметил Ли Цзе.

Рекомендации: Референсные геномы близкородственных видов можно использовать, когда собственный геном изучаемого вида недоступен. При этом следует избегать использования видов с отдалённым филогенетическим родством.

"Наше исследование способствует углублению понимания влияния выбора разных референсных геномов на получение SNP", — сказал Мэн Хунху, автор-корреспондент исследования.