Миллионы локусов из тысячи растительных транскриптомов

Основным ограничением для многих научных проектов часто является небольшой бюджет. Чтобы сделать один аспект генетических исследований дешевле и проще, команда ученых под руководством исследователей из Университета Флориды в двух статьях в Applications in Plant Sciences представила руководство по использованию микросателлитов и ресурс из более пяти миллионов микросателлитов для широкого круга видов растений.

Микросателлиты — это генетические маркеры, играющие важную роль в анализе геномов растений. Селекционеры используют их для проверки наличия нужных генов при скрещиваниях, генетики — для изучения связей между особями и популяциями, молекулярные биологи — для построения карт генома. Их популярность обусловлена легкостью детекции с помощью ПЦР, а также обилием и широким распределением по геному.

Исследователи идентифицировали микросателлиты, используя данные секвенирования проекта «One Thousand Plant Transcriptomes» (1KP), который значительно расширил количество доступных растительных геномов. База данных проекта содержит 1334 образца транскриптомов видов зеленых растений.

Эта работа показывает, как доступные генетические данные, подобные предоставленным проектом 1KP, могут быть использованы для целей, выходящих за рамки первоначального замысла, например, для разработки маркеров. Это позволяет исследователям бесплатно находить локусы для широкого спектра видов, снижая начальный барьер для старта проектов.

Во второй статье авторы сравнили эффективность микросателлитов с технологиями секвенирования нового поколения, такими как генотипирование путем секвенирования (GBS) и секвенирование ассоциированной с сайтами рестрикции ДНК (RAD-Seq). Выяснилось, что микросателлиты более рентабельны для проектов с меньшим бюджетом и при работе с образцами ДНК более низкого качества, особенно если локусы уже разработаны. В приложении к статье приведен примерный бюджет для таких исследований.

Целью руководства была практическая помощь всем, кто начинает исследовательский проект с использованием генетических маркеров, предоставляя возможность рассмотреть все доступные варианты.