Результаты проекта FANTOM4 расширяют понимание регуляции генов

Консорциум FANTOM4 опубликовал серию статей, раскрывающих уникальные особенности геномных регуляторных блоков (GRB), которые могут объяснять их способность реагировать на регуляторные сигналы с очень больших расстояний. Исследования, опубликованные в ряде журналов BioMed Central с открытым доступом, включая Genome Biology и BMC Bioinformatics, углубляют понимание длиннодистантной регуляции генов, опосредованной высококонсервативными некодирующими элементами (HCNE), что лежит в основе регуляции многоклеточности у животных.

Проект FANTOM4, возглавляемый Ёсихидэ Хаясидзаки из RIKEN OSC, завершился после более чем трёх лет работы. Консорциум, объединивший учёных из исследовательских центров и университетов Австралии, Швейцарии, Норвегии, ЮАР, Швеции, Канады, Дании, Италии, Германии, Сингапура, Великобритании и США, опубликовал три основополагающие статьи в журнале Nature Genetics и серию сопроводительных статей в BioMed Central, которые бросают вызов текущим представлениям о контроле генов у млекопитающих.

Ключевые результаты и ресурсы:

• Создана новая база данных и набор интерфейсов для анализа биологических сетей и сравнения крупных наборов данных высокопроизводительного анализа экспрессии (EdgeExpressDB: http://fantom.gsc.riken.jp/4/edgeexpress/).
• Разработан набор компьютерных программ для идентификации сигнатур конформации хроматина, что может привести к созданию нового класса биомаркеров человеческих заболеваний (доступно: http://dostielab.biochem.mcgill.ca/).
• Собраны и представлены масштабные геномные данные, включая 24 миллиона 5'-последовательностей мРНК (CAGE-метки), профили экспрессии по данным микрочипов на временном ряду дифференцировки клеточной линии человека THP-1, а также данные о статусе хроматина. Данные доступны как интегрированный веб-ресурс (http://fantom.gsc.riken.jp/4/).
• Предложены два новых метода нормализации данных для экспериментов количественной ПЦР в реальном времени (qPCR) с большими наборами данных.
• Проведён первый полногеномный анализ сайтов связывания фактора EGR-1, вовлечённого в клеточную дифференцировку в клетках моноцитарной линии человека THP-1.

По словам научного координатора проекта доктора Харуказу Судзуки, консорциум создал прорывные исследования для понимания того, как гены регулируют клетки на молекулярном уровне.

Это первые статьи, опубликованные консорциумом с использованием новой возможности BioMed Central по созданию тематических серий статей в нескольких журналах. Полный список статей доступен на домашней странице серии FANTOM4 (http://www.biomedcentral.com/series/FANTOM4).