OMiCC: платформа для краудсорсинга делает общедоступные данные экспрессии генов более доступными

Ученые из Национального института аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID, часть NIH) разработали бесплатную онлайн-платформу, которая использует краудсорсинговый подход, чтобы сделать общедоступные данные экспрессии генов более доступными для биомедицинских исследователей без вычислительных навыков. Платформа, названная OMics Compendia Commons (OMiCC), описана в онлайн-выпуске журнала Nature Biotechnology от 20 июня.

Публичные базы данных содержат миллионы профилей экспрессии генов — данных, описывающих степень включения или выключения генов при определенных условиях. Ученые могли бы повторно использовать эти данные для генерации и решения новых исследовательских вопросов. Однако этот массив информации в значительной степени остается неиспользованным для такого повторного применения, отчасти потому, что многим биологам не хватает навыков программирования, необходимых для извлечения, обработки и анализа данных.

Цель OMiCC — использовать методы краудсорсинга для преодоления этих проблем. В рамках платформы пользователи могут создавать группы данных экспрессии генов и «аннотировать» их, присваивая параметры (например, тип образца, заболевание), используя стандартизированный словарь. OMiCC сохраняет эти созданные пользователями группы и связанные с ними аннотации, делая их доступными для повторного использования другими.

Возможности анализа: Пользователи могут объединять эти группы данных и анализировать информацию из нескольких исследований для поиска биологических взаимосвязей, используя статистический подход, известный как мета-анализ. Ученые NIAID ожидают, что по мере роста сообщества пользователей OMiCC платформа превратится в богатый ресурс, способный преобразовать растущие объемы общедоступных данных в новые биологические открытия.

OMiCC доступна по адресу https://omicc.niaid.nih.gov. На сайте есть видео и пошаговое руководство для помощи пользователям.