Новый способ обнаружения щирицы Палмера в партиях семян

Фермеры на Среднем Западе США столкнулись с проблемой после высева местных семян на землях из программы CRP: агрессивный и устойчивый сорняк щирица Палмера (Palmer amaranth) распространился в больших количествах. В некоторых штатах его объявили злостным сорняком, что запрещает его продажу и транспортировку.

Типичный метод проверки семян — выращивание образца до стадии, когда растение можно идентифицировать, — является медленным и ненадёжным. Альтернативный метод ДНК-секвенирования отдельных семян стоит около $100 за семя и не рентабелен.

Молекулярный специалист по сорнякам Пат Транель и аспирант Брент Мерфи разработали недорогой способ. Их метод, использующий количественную ПЦР (qPCR), может выявить ДНК щирицы Палмера в смешанном образце, не выращивая растения. Тест обнаруживает генетические вариации, уникальные для Palmer amaranth, даже в присутствии ДНК близкородственных видов, таких как щирица водяная (waterhemp).

Совместно со специалистами Клиники растений Университета Иллинойса — Дианой Плева и Элизабет Филиппи — метод был оптимизирован для работы со смешанными образцами семян. Ключевым моментом является обеспечение полного измельчения всех семян в процессе экстракции ДНК.

Исследователям удавалось стабильно обнаруживать одно семя щирицы Палмера в смеси с 99 семенами щирицы водяной. Чувствительность метода может быть ещё повышена.

Клиника растений оптимизировала протокол для коммерческого тестирования партий семян. Услуга предлагается по цене $50 за образец.