Сотни новых геномных последовательностей заполняют пробелы в древе жизни плодовых мушек

Исследователи во главе с Бернардом Кимом из Стэнфордского университета (США) представили множество новых данных геномных последовательностей, которые заполняют основные пробелы в древе жизни плодовых мушек. Работа опубликована 18 июля в открытом журнале PLOS Biology.

Плодовые мушки — классические модельные организмы в биологических исследованиях и одни из первых видов, чей полный геном был секвенирован. Семейство Drosophilidae, насчитывающее более 4400 видов, может дать ключ к пониманию эволюционных паттернов и процессов. Однако геном секвенирован лишь у части этих видов, причём большинство опубликованных последовательностей получены от ограниченного набора видов, представленных инбредными лабораторными линиями.

Чтобы решить эту проблему, исследователи секвенировали геномы 179 видов мух семейства Drosophilidae, включая диких особей, сохранённые музейные образцы и лабораторные штаммы.

Используя гибридный подход к секвенированию, сочетающий новейшие технологии короткого и длинного чтения, они смогли получить недорогие, но высококачественные геномные последовательности даже из ограниченного материала.

На основе новых геномных последовательностей и ранее опубликованных данных учёные построили филогенетическое дерево для 360 видов семейства Drosophilidae, уточнив понимание эволюционных взаимоотношений этих видов. Они также выровняли (align) почти 300 геномов плодовых мух, создав открытый инструмент для будущих исследований сравнительной геномики, например, для полногеномного выравнивания.

В то время как масштабные проекты по секвенированию крупных организмов, таких как млекопитающие, уже активно ведутся, данное исследование демонстрирует, что секвенирование генома мелких организмов, таких как отдельные мушки — даже тех, что хранились в музеях до двух десятилетий — теперь стало возможным.

Авторы добавляют: «Теперь вполне реально собрать геномы для сотен или тысяч видов даже в рамках бюджета одной лаборатории. Такой масштабный отбор на уровне клады даст нам беспрецедентное разрешение для изучения геномных последовательностей разнообразных групп, таких как плодовые мушки и другие, что несомненно углубит наше понимание эволюционного процесса».